У 1520 році київська козацька старшина звернулася з проханням до польського уряду дати можливість відновити Межигірський монастир. 12 березня 1523 року король Сигізмунд І, за клопотанням Костянтина Острозького, на ім’я Андрія Немировського дав привілей на відновлення Межигірського монастиря ігуменом Михайлом Щербиною. У ХVI столітті у зв’язку з складним фінансовим станом у монастирі великих храмів не будували і тільки на початку ХVII ст. з призначенням нового ігумена Афанасія, який виховувався при князі Костянтині-Василі Острожському, було зведено три церкви: Надбрамна Петропавлівська (1604), Трапезна Микільська (1609) та головна соборна Преображення господнього (1609–1611). У 1615 році новий ігумен Гедеон (родом із Галича) побудував у Києві на Подолі подвір’я Межигірського монастиря з однобанною церквою св. Пантелеймона.
Вікопомні події в історії українського православ’я відбулися у 1620 році, коли конвой під керівництвом гетьмана Сагайдачного доставив у Київ єрусалимського патріарха Теофана, який у Богоявленській церкві Києво-Братського монастиря висвятив п’ятьох ієрархів для київської митрополії, яка після Берестейської унії 1596 року залишилась без митрополита та єпископату. Серед ієрархів, висвячених патріархом Теофаном, був ігумен Межигірського монастиря Ісая Копинський, який посів катедру Перемишльського та Самбірського єпископа. Під час цієї ж церемонії Києво-Межигірському чоловічому монастирю патріархом Теофаном було надано грамоту на ставропігію. У 1683 році Військо Запорозьке заключило договір із Межигір’ям про те, що монастир стане військовим, а монахи стануть духовенством всього Запорожжя. Козацтво ж зобов’язалося бути парафією монастиря та його ктиторами.
28 лютого 1687 року московський патріарх Іоакім дав грамоту Межигірському монастирю на підтвердження статусу ставропігійного. У 1786 році Межигірський монастир за законом про секуляризацію був позбавлений тих земель та наділів, якими володів з давніх часів. У 1787 році в результаті нищівної пожежі згоріли всі будівлі монастиря. Неушкодженими залишилися Спасо-Преображенський собор та надбрамна церква в ім’я Петра та Павла.
1798 року залишки монастиря було передано місту Києву, влада якого з часом розташувала тут фаянсову фабрику. У 1801 році в уцілілих церквах було відновлено богослужіння. До 1860 року його проводили Межигірські священики, а від 1860 року Печерські ієромонахи. 19 серпня 1868 року – на храмове свято – відбулася остання служба, після чого магістрат Києва вирішив продати монастир з торгів. Але в переддень 900-річчя Хрещення Русі київське духовенство не могло допустити такої наруги над давньою святинею. 17 січня 1886 року архімандритом Межигірського монастиря було призначено отця Іону, який почав відновлення обителі. Але не дуже ефективно. Тому за указом Святого Синоду від 8 квітня 1894 року Межигірський монастир перейшов у підпорядкування Покровського жіночого монастиря. Так стародавній Межигірський Спас перетворився з чоловічої обителі на жіночу і діяв до 1919 року. З початку 1920-х років у стінах давніх храмів проводились богослужіння, але під тиском керівництва установ, розташованих на території монастиря Київська, міська рада 24 січня 1931 року ухвалила вилучити церкви з користування віруючих. У квітні 1935 року унікальному барочному архітектурному ансамблю Києво-Межигірського монастиря було винесено остаточний вирок і невдовзі його було підірвано з усією пролетарською ненавистю.
ДМИТРО ПІРКЛ