У 1520 році київська козацька старшина звернулася з проханням до польського уряду дати можливість відновити Межигірський монастир. 12 березня 1523 року король Сигізмунд І, за клопотанням Костянтина Острозького, на ім’я Андрія Немировського дав привілей на відновлення Межигірського монастиря ігуменом Михайлом Щербиною.
У 1683 році Військо Запорозьке заключило договір із Межигір’ям про те, що монастир стане військовим, а монахи стануть духовенством всього Запорожжя. Козацтво ж зобов’язалося бути парафією монастиря та його ктиторами.
У 1786 році імперська влада закрила Межигірський монастир, а в 1787 році в результаті нищівної пожежі згоріли всі його будівлі. Неушкодженими залишилися лише Спасо-Преображенський собор та надбрамна церква в ім’я Петра та Павла.
З початку 1920-х років у стінах давніх храмів проводились богослужіння, але під тиском керівництва установ, розташованих на території монастиря Київська міська рада 24 січня 1931 року ухвалила вилучити церкви з користування віруючих. У квітні 1935 року унікальному барочному архітектурному ансамблю Києво-Межигірського монастиря совєцькою владою було винесено остаточний вирок і невдовзі його було підірвано з усією пролетарською ненавистю.
